En 1669, tras los numerosos problemas económicos que sufría el hospital en ese momento y para evitar el cierre definitivo del mismo se decidió cambiar el modelo de gobierno, y crear una nueva congregación (Fundación Hospital General de la Santísima Trinidad) formada por 24 diputados (miembros de familias adineradas que ayudaron con su dinero a salvar el hospital), 12 miembros eclesiásticos y 12 miembros seglares.